微波灭菌机是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
1、准备工作：
a、检查设备是否有“已清洁”卡，清场合格证，并在有效期内；
b、检查电气开关、电线、接地是否良好；
c、检查设备状态是否完好,防护装置是否正常的；
d、检查水、电是否配接完好，所有的门，覆板是否关好。将控制台所有开关置于“关”的位置。
2、开机操作：
a、合上电源开关；
b、打开控制板电源开关。门开关指示灯亮，否则再次检查所有的开关是否关好；
c、按“低压开关”按钮，低压指示灯亮。观察微波电源箱内风机运转是否正常；
d、开流量控制按钮，将物料送入加热箱内；
e、开启微波，设定好合适的工作时间，按“1组微波”按钮，指示灯亮，此时微波发光管亮，表示正常工作，用同样的方法开启另外3组微波。
3、关机操作：
a、关高压，再次按“1组微波”按钮；
b、停止送物料，再次按“流量控制”按钮；
c、延时5分钟（风冷却磁控管和水冷却变压器）再次按“低压开关”按钮；
d、关控制台电源开关；
e、关闭总电源开关。
5、安全规程：
a、操作人员必须按规定穿戴防护用品，应扎好袖口，不准围围巾，女工发辫应挽在帽子里；
b、微波设备必须专人操作，以保证设备正常运转；
c、维修、保养、检修设备时必须切断总电源，并挂上“有人工作、禁止合闸”的标牌；
d、每次工作完毕，必须进行清扫，彻底清除掉入箱内的物料；
e、设备正常运转时，不允许空载，不允许有金属物进入加热箱内，以免引起高频打火，损坏设备；
f、每次开机、关机必须严格按操作规程进行，如遇突然断电，则应把所有开关置于“关”的位置，避免突然送电时造成元器件的损坏；
g、如长时间不使用，在开机前先用热风机对设备底部四组变压器电容部位上的水分进行风干，以免造成电器元件的损坏。
